清初行政机构仍沿用明制。雍正二年，改卫为府，府治在武威。共辖武威、永昌、古浪、镇番（今民勤）、平番（今永登）五县。

清时凉州驻军有两部分，一为“绿营兵”，一为“旗兵”。1691年，将原驻甘州的甘肃镇总兵官移驻凉州，改名凉州镇总兵官。统辖镇标五营，兼辖永昌、庄浪二协。总兵员约四千余人，分防各隘口要地。旗兵驻防武威，始于1737年，凉州驻防军设将军一员，副都统一员，官兵共四千余名。同年在武威县城东约3里处修筑满城，做为旗兵驻扎处。